Rdzeń struktury Uczelni stanowią: 

Wydział Logistyki i Transportu, w ramach którego funkcjonuje pięć zakładów naukowych: 

Dodatkowo przy wydziale działają:

Każdy pracownik dydaktyczny w MWSLiT przydzielony jest do wybranego zakładu zgodnie ze swoją specjalizacją i tematyką prowadzonych zajęć. Za zarządzanie jednostką i sprawowanie opieki merytorycznej odpowiada Kierownik Zakładu / Studium. Każdy zakład posiada swój pokój, który stanowi miejsce do pracy własnej kadry dydaktycznej, jak również miejsce zebrań i dyskusji jego członków.

W skład struktury uczelni wchodzą również jednostki administracyjne: